曲阜市农业环境保护工作站职责：
（1）负责农村生态环境保护，指导全市示范区建设和生态农业建设；
（2）负责拟订农业环境保护的规定、规章、标准和规划并组织实施；
（3）负责组织指导农业生产对农业环境污染的防治，会同有关部门负责农药、化肥、农膜等农用化学物质的污染防治和污水合理利用的技术指导；
（4）负责保护珍稀濒危农作物、野生植物和畜禽等生物物种资源；
（5）负责农业环境环境影响评价和农业建设项目的环境影响报告书的预审工作；
（6）负责农业环境科学技术的推广使用。接受委托，承担全市“绿色食品”基地环境的监测和评价及“无公害”农产品、无公害生产资料、绿色食品、有机食品的认证，市场标志的管理及开发；
（7）负责全市农业生态环境统计和监测工作，编报和发布全市农业环境质量报告书；
（8）负责化肥、农药、畜禽养殖、废气、污灌对农、林、渔业造成的污染案件调查处理工作；
（9）负责秸秆综合利用，严禁秸秆禁烧；
（10）参与指导矿区复垦的生态农业建设；
（11）参与全市生态环境调查；
（12）完成上级业务部门和局委交办的其它各项工作。