20世纪80年代初，针对农业生态环境和生产条件逐步恶化的趋势，农业部提出了发展生态农业的总体思路，即从国情出发，在继承传统农业精华的基础上，综合运用先进的科学技术和科学的管理手段，建立结构合理、生态优化、高效优质并可持续发展的农业生态经济系统，实现农业和农村经济的可持续发展。在这一思想的指导下，我部组织了一系列的试点示范。1993年，农业部联合国家计委、财政部、科学技术部、水利部、国家环境保护总局和国家林业局在全国开展了生态农业试点县建设。经过五年努力，生态农业试点县取得了显著的经济、社会和环境效益，得到党中央、国务院的高度重视和关注。在此基础上，国家八部委局又于2000年4月在全国启动了第二批50个生态农业示范县建设。多年的探索实践表明，生态农业是解决人口、资源、环境之间矛盾的有效途径，实现了经济、环境和社会三个效益的统一，是农业和农村经济可持续发展的必然选择。
　　我国政府对生态农业建设工作高度重视。1992年党中央、国务院批准的环境与发展十大对策中，明确提出要增加对生态农业建设的投入，推广生态农业技术。1995年，中共中央五中全会《关于制定国民经济和社会发展“九五”计划和2010年远景目标的建议》中再次强调：“发展生态农业，保护农村生态环境”。1997年，江泽民总书记作出了“绿化荒漠，建设生态农业”的重要批示。在2001年人口资源环境工作座谈会上，江泽民总书记指出，“要结合农业结构调整，积极发展生态农业、有机农业，使农药、化肥使用量降低到一个合理的水平，控制农业面源污染，保证农产品安全”。

　　经过二十多年发展，我国开展生态农业建设的县已达到300多个，其中国家级生态农业试点示范县102个，省级县200多个、遍布全国30个省、自治区、直辖市，生态农业建设在全国呈现蓬勃发展的态势。生态农业建设已经建立了一套有效的组织管理体系。由农业部牵头，成立了由国家计委、财政部、国家科委、林业部、水利部和环保局七个部门组成领导小组，下设办公室、负责生态农业建设的日常管理和指导工作。各省和相关县市也为此成立了相应的组织管理机构，并依托农业环境保护站负责日常管理和指导工作。各省还颁布了一系列有关生态农业的法律法规，制定了生态农业发展规划，为开展生态农业建设提供了法律保障。目前，全国已有22个省、区、市出台了《农业环境保护条例》，进一步明确了生态农业建设的职责和任务。同时，还建立了一套生态农业建设专家支持系统，在国家一级成立了全国生态农业建设专家组；在省、县级相应建立了生态农业建设专家组或技术指导单位。各地还初步形成了以农业环境保护机构为主的国家级、省级、县级生态农业建设技术服务和监测网络，为生态农业建设提供技术保障。
　　 生态农业建设取得了显著的经济效益、生态效益和社会效益。据统计，51个生态农业试点县在实施生态农业建设前的1990－1993年期间，扣除物价因素，其国民生产总值、农业总产值和农民纯收入平均年增长分别低于全国同期水平3.2、1.1、1.4个百分点，而实施生态农业的1994－1997年期间，平均年增长分别比前三年平均增长速度高4.7、4.5和3.3个百分点，比全国同期平均水平高出2.2、0.6和1.5个百分点。同时，试点县资源优势得到较好的发挥，农林牧渔结构趋于合理，脱贫致富步伐加快。生态农业建设促进了农业资源持续高效利用，生态环境显著改善。经过五年建设，51个生态农业试点县的土壤沙化和水土流失得到有效控制，其中水土流失治理率达到73.4％，土壤沙化治理率达到60.5％；森林覆盖率提高了3.7个百分点；秸秆还田率达到49％；省柴节煤灶推广率达到72％，节省了能源，保护了植被；废气净化率达到73.4％；废水净化率达到57.4％；固体废弃物利用率达到31.9％等。这些指标既比实施生态农业建设前有较大幅度提高，又大大高于全国的平均水平。生态农业建设推动了无公害农产品、绿色食品的发展，对提高农产品质量安全发挥了积极作用。目前，全国已有18个省、区、市出台了《无公害农产品管理办法》，无公害农产品示范基地面积达到93万公顷，产量达1.5亿公斤。