南水北调东线能否开工，直接取决于沿线污水治理情况。主持南水北调东线工程环保规划的中国环境科学院副院长夏青说，东线开工必须首先治污，预计用于沿线治污的资金将达250亿元，与工程费用的比例为1：1，这将使沿线环境整治提速10到15年。
 　据调查显示，东线输水干线规划区46个控制断面中，36个控制断面氨氮浓度超标，25个断面高锰酸盐超标；东线最重要的中间湖南四湖现在有53条超五类污染河道的水注入。
 　据夏青介绍，将采取“治、截、导、用、整”一体化办法治理东线沿线的重污染。南水北调东线规划如能通过，不仅将解决北方缺水问题，沿线省、市、县的环境治理也将至少提速10至15年。